Budowę pierwszego kościoła w stylu romańskim o którym wiemy by był wzniesiony w tym miejscu rozpoczęto w latach 1220-1230. W 1253 roku kościół przekazano zakonowi krzyżowców z czerwoną gwiazdą jako kościół klasztorny. Opiekę sprawowali nad nim do 1525 roku kiedy został podporządkowany władzom miejskim i wprowadzono w kościele luterański obrządek. W 1257 kościół konsekrowano pw. Świętej Elżbiety.

Kościół odbudowano po katastrofie na przełomie XIII i XIV wiek, jako gotycką bazylikę z cegły. Około 1350 roku rozpoczęto budowę głównego prezbiterium z trzema nawami oraz wieży kościelnej zakończonej w 1482 ustawieniem hełmu na szczycie. W 1529 roku strąciła go wichura.

W 1649 roku zawaliła się więźba dachowa.

W latach 1713-1719 południowe i północne wejście do kościoła otrzymały barokowe portale.

1743 powiększenie empory gotyckiej o chór królewski z kartuszem z inicjałami króla pruskiego.

W latach 1750-1761 Michael Engler skonstruował wielkie główne organy w wybudowanej dla nich nowej emporze.

1749 pożar wieży prochowej w trakcie którego uszkodziły się okna i maswerki południowej strony.

W 1806 roku Kościół został uszkodzony przez ostrzał artyleryjski wojsk napoleońskich.
W 1856-57 i 1890-93 dokonano gruntownej renowacji obiektu.

Kościół nie ucierpiał znacznie w trakcie II wojny światowej, zaginęła pieta z początku XV wieku, a niektóre elementy przeniesiono do Muzeum Narodowego w Warszawie (chrzcielnica, gotyckie nastawy ołtarzowe).

W latach 40.-50. przeprowadzono remonty a w 1960 r. przez uderzenie pioruna w hełm wieży doszło do kolejnego pożaru.

W 1972 r. rozpoczęto generalną renowację kościoła. 20 września 1975 roku wybuchł pożar niszczący hełm wieży a następny z 9 czerwca 1976 r. zniszczył organy Englera i dach. Budynek po katastrofie odbudowywano przez 15 lat.

Dopiero 31 maja 1997 w trakcie 46. Kongresu Eucharystycznego Kościół został ponownie konsekrowany przez papieża Jana Pawła II.